Le Muséum National d’Histoire Naturelle dispose de 28 000 documents recensés dans les bibliothèques spécialisés d’anthropologie maritime, d’ichtyologie et milieux et peuplements aquatiques, de malacologie et biologie des invertébrés marins, dans les fonds des stations marines de Concarneau et de Dinard, dans le fonds “mammifères marins” de la bibliothèque d’anatomie comparée.

Les bibliothèques des stations de Banyuls-sur-Mer, Roscoff , Villefranche-sur-Mer possèdent des fonds anciens d’ouvrages rares en biologie, écologie, zoologie marines, océanographie et phycologie.

Huit des douze ensembles de collections du Muséum possèdent des spécimens en lien avec la mer : anthropologie culturelle, botanique, collections animales vivantes, invertébrés marins, sédiments océaniques, paléontologie, ressources biologiques-cellules vivantes et cryoconservées, vertébrés.

Pour de nombreux groupes, ces collections s’inscrivent parmi les deux ou trois plus riches collections mondiales. Grâce aux campagnes océanographiques de ces 30 dernières années (avec un pic d’opérations au cours des 15 dernières années), les collections marines du Muséum ont connu un fort taux d’accroissement. La caractéristique de ces collections marines, en plus de leur large diversité spécifique, est le grand nombre de localités géographiques représentées et la récolte de populations. La station marine de Concarneau accueille des ateliers internationaux d’identification qui ont pour objectif de valoriser les spécimens des collections. 

Le programme e-ReColNat a permis la mise en ligne des types afin de  les rendre accessibles à la communauté scientifique internationale.

Des ateliers internationaux d’identification du matériel des campagnes océanographiques sont organisés, notamment à la station de Concarneau. Ils permettent de valoriser rapidement les collections et de les mettre à la disposition de la communauté scientifique.

La station de Banyuls-sur-Mer dispose d’une collection d’organismes marins de Méditerranée, d’une collection historique d’oiseaux marins naturalisé, de collections d’organismes fixés, d’une collection de souches bactériennes cryo-conservés.

La station de Roscoff dispose de souches de micro-organismes vivants, de macro-organismes en stabulation dans une cinquantaine d’aquarium, de collections provenant réalisés en Manche dans les années 1950.

Les collections sont partiellement numérisées dans des bases de données en ligne (MNHN, GBIF, VertNet). Ces dernières sont accessibles aux chercheurs comme au grand public. 15% des spécimens sont numérisés et 65% des spécimens types. D’autres type de bases de données existent telles que  :

• BaseExp, qui regroupe les informations relatives aux expéditions océanographiques du Muséum
• Pechker, qui rassemble l’ensemble des données recueillies par les flottilles de pêche qui opère dans les zones économiques exclusives des Terres Australes et Antarctiques Françaises (TAAF)
• Clemam, une base de données taxonomiques de mollusques marins d’Europe

Le Muséum gère en outre l’accès à un grand nombre de bases de données, notamment dans le cadre du Système d’information sur la nature et les paysages. Elles sont présentées à tous les publics sur le site de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN OpenObs) qui comporte 60 millions de données d’inventaire de biodiversité (dont 1,2 millions concernant l’Outre-Mer), dont une large est issue des milieux côtiers et benthiques.