Qui êtes-vous ?

Je m'appelle Alexandre Desparmet, j’ai 24 ans et je suis récemment diplômé du Master Sciences de la Mer (SdM) de Sorbonne Université (SU) dans le parcours « Fonctionnement des Écosystèmes Marins et Changements Globaux ». Je vais prochainement débuter une thèse en sciences marines portant sur le sujet des biofilms microphytobenthiques marins et de leur fonctionnement, au sein du laboratoire BOREA dans la station marine de Concarneau, en Bretagne.

Quel est votre parcours académique ?

À l’issue d’une formation académique, principalement technique (Bac en Sciences et Technologies en Laboratoire Biotechnologies, DUT Génie Biologie, DUETI de Biologie au Canada et Licence 3 en Biologie des Organismes et Écosystèmes), j’ai intégré le Master Sciences de la Mer de Sorbonne Université.

La réalisation de ces deux années à Paris et au sein du réseau de stations marines de l’alliance SU, a conduit à ma spécialisation dans le domaine de l’océanographie, en me permettant d’acquérir une vision systémique du fonctionnement des écosystèmes et leur importance dans le contexte du changement global. Également, les périodes de stage m’ont formé aux différentes méthodes d’acquisition et de traitement de données.

Pourriez-vous expliquer simplement votre sujet de thèse ?

Mon sujet s’inscrit dans un cadre de recherche fondamentale qui vise à étudier la réponse des biofilms microphytobenthiques marins face au stress d’irradiance. Ici, l’irradiance représente la quantité d’énergie solaire qui atteint les microorganismes photosynthétiques du biofilm. En milieu côtier, cette quantité d’énergie est amenée à varier considérablement et rapidement au cours d’une même journée.

Plus précisément, je vais caractériser l’impact de ce stress sur le métabolisme lipidique et m’intéresser à l’origine et au rôle fonctionnel de certaines biomolécules d’intérêts, les oxylipines.

La thèse s’organise autour des trois axes majeurs suivants :

• Effet de l’irradiance sur le métabolome des biofilms.
• Rôle fonctionnel des oxylipines.
• Caractérisation des voies métaboliques impliquées.

Qu’est-ce que sont les biofilms microphytobenthiques marins ?

Tout d’abord, « micro » fait référence au monde du petit, « phyto » veut dire végétal et « benthique » indique le substrat des fonds marins. Les biofilms microphytobenthiques sont donc des groupes de microorganismes (microalgues, bactéries, champignons, etc) agencés au sein d’une substance qu’ils synthétisent. Ces biofilms constituent le premier stade de colonisation des surfaces naturelles et des infrastructures humaines immergées (bateaux, ponts, éoliennes en mer, fermes aquacoles, etc). En vérité, tout le monde connaît le biofilm microphytobenthique. Cet été à la plage, passez la main sous la coque d’un bateau qui n’a pas navigué depuis longtemps. Vos doigts décolleront une sorte de gelée qui adhère mollement à la coque. C’est le biofilm microphytobenthique.

Comment vivent et s’adaptent ces microorganismes les uns par rapport aux autres ? Quelles sont les relations existantes au sein des biofilms et quels sont les produits métaboliques résultants ? C’est ce genre de questionnement qu’il est possible d’approcher en étudiant les biofilms microphytobenthiques marins, champ d’étude qui reste largement inexploré à ce jour, et qui constitue un sujet d’intérêt.

À l’heure où la France se lance dans un effort considérable pour développer l’éolien en mer, répondre à ces questions, c’est se donner les moyens de mieux protéger les infrastructures sous-marines, et ce, via des solutions plus respectueuses de l’environnement.

Qu’est-ce que vos recherches vont apporter aux problématiques liées au biofouling ?

Étant les premiers colonisateurs des surfaces marines, les biofilms représentent un enjeu de taille, notamment pour l’économie mondiale et la pollution des océans. En effet, l’établissement des biofilms pionniers permet, sur le long terme, l’établissement d’organismes plus gros (algues, coquillages, etc), c’est ce qu’on appelle le « biofouling » ou « encrassement biologique ». Ce stade avancé des biofilms, détériore par biocorrosion les diverses infrastructures marines (coques des bateaux, éoliennes en mer, etc) causant ainsi, de nombreuses pertes économiques, en plus de provoquer des soucis de fiabilité des infrastructures en accélérant leur vieillissement. Pour lutter contre ce phénomène naturel, de nombreux produits comme des peintures antifouling sont massivement utilisées, ce qui génère une pollution des eaux.

Une thèse de recherche fondamentale comme celle-ci permet des retombées plus appliquées, notamment en générant de nombreuses connaissances sur le fonctionnement de ce type d’agencement de microorganismes, leur méthode d’établissement, etc.

Une meilleure compréhension doit permettre, à terme, de tendre vers le développement de nouvelles méthodes de luttes plus efficaces et plus respectueuses de l’environnement marin.

Pourquoi avez-vous choisi ce sujet ?

Les raisons qui m’ont poussé à faire financer ce sujet de thèse sont diverses.

Dans un premier temps, les questionnements abordés se situent à l’interface de mes différents centres d’intérêt développés tout au long de mon parcours académique (monde du microscopique, métabolisme lipidique, milieu marin, écologie benthique).

Deuxièmement, ce sujet très fondamental au premier abord, ouvre tout de même de nombreuses perspectives appliquées, notamment sur les problématiques de biofouling évoquées précédemment.

Également, le Master SdM de SU privilégie l’étude des processus à large échelle. La réalisation de cette thèse représente pour moi, l’occasion de compléter ma vision en étudiant des processus à échelle plus restreinte.

Enfin, je mesure la chance que j’ai de rejoindre la station marine historique de Concarneau et ainsi, pouvoir conduire ma thèse dans un cadre optimal au sein de l’institution renommée du Muséum National d’Histoire Naturelle.

L’ensemble de ces éléments fait que je me suis projeté naturellement dans ce sujet.

Qu’attendez-vous de cette thèse pour votre avenir professionnel ?

Je poursuis l’envie d’exercer en tant qu’enseignant-chercheur afin de participer à l’élargissement des connaissances scientifiques, tout en partageant avec beaucoup de plaisir mon intérêt et mes connaissances au plus grand nombre.

La réalisation de ces trois années doit me permettre de tendre vers une pleine autonomie de mes activités de recherche et des responsabilités associées. Elles seront l’occasion de mobiliser et valoriser mon bagage théorique en biologie marine et mes compétences techniques de laboratoire.

Quel est le contexte (encadrement/partenariat) de cette thèse ?

Ce sujet de thèse très largement pluridisciplinaire de par les axes abordés et les techniques innovantes mises en œuvre, ce qui nécessite l’expertise complémentaire de différents laboratoires. L’encadrement est principalement assuré par Cédric Hubas, enseignant-chercheur sur les thématiques de compréhension du fonctionnement des communautés microbiennes au sein du laboratoire BOREA de Concarneau. Cet encadrement est complété par deux co-encadrants : Gabriel Markov, chargé de recherche au CNRS au sein de la station biologique de Roscoff et spécialiste des questions portées sur l’évolution des voies métaboliques chez les algues et Thierry Dufour, Professeur associé au Laboratoire de Physique des Plasma (SU) et qui apporte son expertise sur l’utilisation des plasmas froids.

La thèse est également en partenariat avec l’Université de Montpellier et l’Institut des Biomolécules Max Mousseron. La thèse est entièrement financée par l’Institut de l’Océan.